Η ιστορία της Samus συνεχίζεται μετά τα γεγονότα του παιχνιδιού Metroid ™ Fusion όταν κατεβαίνει στον πλανήτη ZDR για να διερευνήσει μια μυστηριώδη μετάδοση που εστάλη στη Γαλαξιακή Ομοσπονδία.
Ο απομακρυσμένος πλανήτης έχει καταληφθεί από φαύλους εξωγήινους τρόπους ζωής και ψυχρές μηχανικές απειλές. Η Samus είναι πιο ευέλικτη και ικανή από ποτέ, αλλά μπορεί να ξεπεράσει την απάνθρωπη απειλή καταδιώκοντας τα βάθη της ZDR;
Οι κάποτε μηχανές εξαγωγής DNA, τα επιβλητικά Ε.Μ.Μ. κυνηγούν τώρα την Samus. Οι εντάσεις είναι υψηλές καθώς αποφεύγετε αυτά τα E.M.M.I. και έναν σκληρό θάνατο, ενώ ψάχνετε έναν τρόπο να τα εξολοθρέυσετε. Μάθετε τι μετέτρεψε αυτά τα ρομποτικά θαύματα στη μάστιγα του ZDR και ξεφύγετε με τη ζωή σας.